本品常见的不良反应为腹泻、稀便、恶心、皮肤潮红、皮疹、呕吐、搔痒等。该品也可致腹部不适、腹胀和头痛等。

青霉素皮试阳性反应者、对青霉素类药物过敏者及传染性单核细胞增多症患者禁用。

本品为青霉素类药物，青霉素类口服药物偶可引起过敏性休克，尤多见于有青霉素或头孢菌素过敏史的患者。用前必须详细询问药物过敏史并作青霉素皮肤试验。如果使用阿莫西林双氯西林钠治疗时发生过敏反应，应停止用药。严重过敏反应需紧急处理，吸氧、使用肾上腺素、静脉输入皮质激素和保持气道通畅包括气管插管等。 对头孢类药物有过敏史患者慎用。 >已报告在使用所有种类青霉素(包括阿莫西林和双氯西林钠)的患者中发生假膜性结肠炎，它的严重程度为中度至重度。在使用青霉素患者发生腹泻时考虑这一情况是重要的。 治疗期间应注意可能发生的霉菌或细菌病原体的重复感染。若出现重复感染（通常为肠杆菌、念珠菌或假单孢菌感染），应停止用药并适当治疗。 尽管青霉素类毒性很低，但长期治疗时建议进行肾、肝和造血功能评价。若肾功能降低，应根据降低程度减少剂量。肝功能异常病人慎用本品。 传染性单核细胞增多症患者使用本品，斑丘疹发生率增加，应避免使用本品。

四环素、氯霉素类药物可减弱本品的杀菌作用，应避免合用。 丙磺舒或其他肾酸分泌抑制剂能降低本品的肾小管分泌，合用时会增加本品的血药浓度，半衰期延长。 别嘌醇与本品合用会增加皮疹的发生率，应避免合用。 本品可能会降低抗凝药如华法林的作用。正在用抗凝药治疗的病人慎用本品。 本品对口服避孕药的影响尚无定论，宜慎用。 本品不宜与双硫仑等乙醛脱氢抑制药合用。