南方医院呼吸科正式创建于1978年，近年来呼吸科不但对常见病、多发病如哮喘、慢性阻塞性肺疾病、肺部感染、肺部良、恶性肿瘤、各种急慢性呼吸衰竭的诊治摸索出一套成熟的诊疗规范，而且对少见疑难病如：肺栓塞、特发性间质性肺炎、肺泡蛋白沉积症、深部真菌感染、肺曲霉菌病、巨细胞病毒肺炎、卡氏肺孢子菌肺炎、组织胞浆菌肺炎、变应性肺泡炎和肺血管炎等呼吸系统疾病，尤其对对器官移植后的肺部感染有比较丰富的临床经验。